El aeropuerto actual fue concebido por el arquitecto valenciano Santiago Calatrava. Lo diseñó de tal forma que desde el exterior se asemejase a un ave emprendiendo el vuelo, de ahí que se conozca popularmente con el nombre de La Paloma. En la construcción abunda el color blanco, el vidrio y el hormigón.
El aeropuerto es uno de los símbolos más destacados de la renovación y pujanza de la ciudad de Bilbao.
La terminal cuenta con un total de 6 "fingers" (túneles móviles que conectan directamente el avión con la Terminal). A su vez, fue diseñada una nueva torre de control en forma de halcón para hacer frente al incremento de vuelos que la nueva terminal atraería.